Data de 1674 uma escritura lavrada entre os oficiais da Câmara e o povo da vila de Taubaté comprometendo-se a construírem um prédio que seria usado como um Convento e que abrigaria os religiosos de São Francisco, sob invocação de Santa Clara.

Seu primeiro guardião foi Frei Jerônimo de São Brás.
Apesar da boa vontade inicial, em breve arrefeceu a disposição dos taubateanos que, absortos em seus trabalhos descuidaram das obras. Mesmo com certas dificuldades foram concluídos os trabalhos para a construção do convento de Santa Clara.

Após sua fundação grande número de religiosos franciscanos veio para Taubaté. Com o prédio concluído chegou a haver mesmo várias dezenas deles aqui estabelecidos, bem como grande escravaria doada pelos moradores.

“Sobre uma colina vizinha à cidade planejada com duas retas, projetou-se a igreja conventual. Com arcos completos formando a entrada, triângulo frontão e torre sineira, ergueu-se o edifício. Tudo na melhor técnica de cantaria (pedra). À esquerda, o convento com pátio interno retangular. Assim, funcionou como casa de formação religiosa” (Percival Tirapelli -“O Convento de Santa Clara em Taubaté” – SP Vale –1991)

Em 1765 já estava bem reduzido o número de frades; em 1832 habitavam a casa apenas dois frades; em meados do século XIX era grande a decadência do mosteiro
Na década de 1860, o Convento cedeu à municipalidade as áreas correspondentes as atuais praças Anchieta e Coronel Vitoriano (antes Largo da Palmeira).

Nessa mesma época, Augusto-Emílio Zaluar, cronista, escritor e jornalista português, radicado no Brasil, de passagem por Taubaté, registrou suas impressões sobre o Convento de Santa Clara em seu livro “Peregrinação pela Província de São Paulo”:

“No arrabalde de Taubaté, que fica para o lado de Pindamonhangaba, nordeste da cidade, está situado em uma pequena eminência e próximo a um regato, o convento de Santa Clara, conhecido pelo nome de convento de São Francisco, em razão de pertencer à ordem monástica desse nome. O edifício, se bem que não seja de dimensões gigantescas, é todavia espaçoso, sobretudo em relação ao tamanho geralmente acanhado das casas da cidade e a igreja ou casa de oração pode conter cerca de mil pessoas, e é o maior edifício do norte da província. O interior da igreja é singelo e sem grande cópia de ornamentos de talha, como é comum nos edifícios antigos desse gênero. É verdade, porém, que em conseqüência de um grande incêndio, os retábulos dos altares foram reformados, e é bem possível que nessa ocasião se reformasse também o sistema da arquitetura.”

O Convento Santa Clara iniciou suas obras por volta do ano de 1674, destinado aos Religiosos Franciscanos, à pedido do povo da Vila de São Francisco das Chagas de Taubaté, que através de uma escritura pública passada aos 25 de março de 1674, obrigava Frei Jerônimo de S. Braz a construí-lo com o trabalho de três religiosos e mais doze pessoas. Outra exigência do povo era que o referido convento deveria ter o nome da Santa que hoje o intitula.

Após a escolha do terreno e passada a escritura, vieram à Vila, frei Jerônimo de São Brás, apelidado de “Baleia”, frei Manuel Leite e mais um irmão leigo. Foram nomeados seis habitantes da Vila de São Francisco das Chagas de Taubaté para juizes da obra, encarregados de receber e angariar os meios para a construção do convento.

Os primeiros problemas surgiram quando os moradores da Vila perderam o entusiasmo e deixaram de cumprir o combinado. Os frades, diante desta questão, elaboraram um documento de queixa e enviaram ao vigário da Vara, Mateus Nunes de Siqueira. O documento que encontra-se, segundo últimos dados , no arquivo do Convento de Santo Antônio, no Rio de Janeiro, compilado no livro “Tombo de Taubaté”, que contém dados sobre o erguimento do Convento de Taubaté de 1674 a 1787. Em resposta, o vigário da Vara, em 19 de fevereiro de 1677, deu provimento favorável, encarregando o vigário de Taubaté, padre Luis Pereira, o frei Jerônimo de São Brás, de citarem juizes da obra para obrigar o povo o que solenemente havia prometido. Serviu-se para isso de um oficial de Justiça Eclesiástica ou Secular, sob pena de excomunhão maior e outras penas de direito admitidas. A partir desta data, o Convento de Santa Clara foi rapidamente levantado. Em 1678, não havendo madeira suficiente na região, e diante das negativas dos moradores vizinhos em ceder as que fossem necessárias, foi preciso recorrer ao Senado Federal, que remeteu a seguinte resposta: “Pessoa alguma, de qualquer qualidade, poderá impedir o reverendo suplicante de extrair a madeira que lhe for necessária”. A igreja foi construída e o frei Antônio da Purificação encarregado de catequizar os índios da região e dirigi-los espiritualmente.

Desafortunadamente, ocorreu violento incêndio aos 17 de setembro de 1842, apagado pela própria população, embora tenha ficado em ruínas parte deste tradicional estabelecimento religioso. Sua reconstrução se deve ao respeitável taubateano e síndico do prédio, Victoriano Moreira da Costa, como também a sua melhoria e conservação se deve ao Frei Caetano de Messina e Padre Francisco Cosco. De sua arquitetura original restou apenas a interessante torre do sino.

Em 1888, foi instalado neste local um Liceu de artes e Ofícios, promovido por uma associação liderada pelo Juiz de Direito e Visconde da Comarca de Tremembé e pelo vigário Nascimento Castro. Após três anos de esforços para manutenção do convento, sem sucesso, foi feita a transferência do usufruto perpetuo à Ordem dos Capuchinhos que tomou posse aos 23 de janeiro de 1892.

Os trabalhos de ordem moral e social desde os primórdios de sua existência até hoje denotam o valor desse convento para a cidade de Taubaté: os antigos Colégio Seraphico (preparação para vocações religiosas) e o Externato Sagrado Coração de Maria, este último freqüentado por meninos pobres para os quais era fornecidos ensino gratuito, livros e objetos escolares. Como resultado dos esforços dos capuchinhos foi fundado o Colégio Santa Verônica, que dava assistência a meninas completamente pobres.

O Convento Santa Clara se transformou em um centro de fraternidade, caridade e modelo cristão, sendo até os dias atuais umas das razoes de orgulho do povo taubateano e prova de sua incessante luta pelo progresso e realizações humanitárias.

Entre 1967/68, o secular convento franciscano passou por uma série de reformas, de que resultou sua aparência atual, para em 1986, ser tombado pelo CONDEPHAAT – Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arquitetônico, Artístico e Turístico), como patrimônio estadual.